Fammi capire:
ma è della stessa compagnia? Chi te lo vende?
Se è della stessa compagnia, puoi chiedere il check-in unificato all'atto della partenza del primo volo, chiedendo che ti facciano loro lo spostamento dei bagagli sul secondo volo, ed in questo caso, anche in situazione di ritardo, normalmente c'è del personale di terra che attende al di fuori del finger di arrivo e accompagna le persone al gate di partenza successivo. Questo se è la stessa compagnia.
Se sono di compagnie diverse, è tutto diverso. O è fatto in "code share", ossia in accordo, e quindi tu puoi chiedere lo stesso di cui al punto precedente, oppure è un rischio, ed è strano che ti sia stato proposto.
Lo hai trovato su Internet? Se sì, è probabile che sia in code share e quindi "protetto", ma informati con i call center delle due compagnie aeree. Se invece te l'ha proposto un'agenzia, fai attenzione.
Insomma, a meno che non sia la stessa compagnia, farei molta attenzione